而氟機體系以制冷劑為輸送介質，選用變制冷劑流量技術，室外主機由室外側換熱器、壓縮機和其他制冷附件組成，室內機由直接蒸發式換熱器和風機組成。通過操控壓縮機的制冷劑循環量和進入室內各個換熱器的制冷劑流量，都可以適時地滿足室內冷、熱負荷要求。
穩定性：水機：室外機完成制冷循環的所有過程，是一個完整的空調體系，室內機只是簡略的熱交換效果，兩者相互獨立，互不影響，可單獨對室內機和室外機進行改造。而氟機：室外機與室內機一起組成制冷體系，一臺室內機發生毛病，會對其他室內機工作產生影響，室內外機的改造需求同時進行。
舒適性：水機：制冷（熱）載體是水，它出風非常溫文、舒適；并且水機運行時不帶走室內空氣水分，能保持空氣濕潤，舒適是空調水機大的亮點。氟機：制冷劑是氟利昂或新冷媒R410A，使用時會帶走室內水分，空氣較干燥，舒適感稍差。
節能性：水機：選用的是定頻技術，可是水的熱容量比較大，使用率越大就越節能，合適大面積場所使用。氟機：選用變頻技術，具有操控精度高，高效節能等優點，尤其是對小型的場所，它的節能省電優勢更突出。
可靠性：水機：選用雙回路規劃，多個壓縮機，即使一個壓縮機回路毛病仍然可以繼續工作，可靠的渦旋式壓縮機，機組運行壽命長，可靠性高。氟機：只要一臺變頻壓縮機，室外機和室內機的操控全部銜接，一旦某臺機呈現毛病，整個體系不能使用。
制冷/熱速度：昆明海信使用中央空調安裝公司介紹水機：水的熱容較大，升溫降溫比較慢，所以制冷熱速度不如氟機快。氟機：制冷時即開即冷，速度很快。